L’église doit son nom à la puissante abbaye Saint-Aubin d’Angers qui possédait les terres de Clémentiniacus . Sa construction a été engagée en 1106 par le fils de Geoffroy Fulcrade, qui outre St Aubin aurait fondé le prieuré de St Macé, plus au sud. A cette occasion, l’église quitte l’enceinte de la forteresse pour servir le bourg de Trèves, près du marché et du port.
Son aspect actuel correspond à différentes campagnes de construction: La nef et le transept sont du XII e siècle, le clocher du XIIIe siècle. Les murs latéraux ont été renforcés au XVe siècle. La flèche en pierre de tuffeau date de la même époque.
Au milieu du XIX e siècle, elle a été restaurée par Monseigneur Maupoint, originaire de Chênehutte. L’intérieur dépouillé, mais souvent baigné d’une belle lumière qui valorise la construction en tuffeau, impressionne le visiteur. De même la poutre de gloire qui surplombe le transept. Le bénitier en porphyre, le tabernacle ou reliquaire, le gisant de Robert le Maçon, chancelier de France, protecteur de Jeanne d’Arc et conseiller de Charles VII, sont d’un grand intérêt.
En été, l’église qui est toujours ouverte au culte, accueille des concerts (Heures musicales de Cunault) ou des expositions.
Saint-Aubin a été classé monument historique en 1914.